MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D-LC chromosome

Total Repeats: 2733

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017436	GCC	2	6	4	9	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_017436	TGC	2	6	63	68	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017436	ATT	2	6	75	80	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017436	CGA	2	6	97	102	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017436	TC	3	6	225	230	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_017436	TAT	2	6	239	244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017436	AG	3	6	247	252	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017436	GAA	2	6	286	291	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017436	AGA	2	6	315	320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017436	AGA	2	6	369	374	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017436	CAA	2	6	442	447	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017436	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017436	TTG	2	6	585	590	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017436	CTC	2	6	614	619	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_017436	GAT	2	6	676	681	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017436	GAT	2	6	730	735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017436	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017436	ATG	2	6	793	798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017436	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_017436	TATGGA	2	12	813	824	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017436	CCT	2	6	952	957	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_017436	CTT	2	6	1013	1018	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017436	CAG	2	6	1078	1083	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017436	TGA	2	6	1139	1144	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017436	A	6	6	1203	1208	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017436	AAG	2	6	1220	1225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017436	TGG	2	6	1236	1241	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017436	CTT	2	6	1243	1248	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017436	T	7	7	1247	1253	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017436	A	6	6	1258	1263	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017436	AAGG	2	8	1309	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017436	T	6	6	1639	1644	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017436	TAA	2	6	1651	1656	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017436	T	7	7	1661	1667	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017436	TC	3	6	1670	1675	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_017436	A	6	6	1733	1738	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017436	GCA	2	6	5055	5060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017436	A	6	6	5066	5071	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017436	AGA	2	6	5082	5087	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017436	CAAAAA	2	12	6252	6263	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_017436	GGAG	2	8	6306	6313	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017436	CTT	2	6	6362	6367	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017436	TATG	2	8	6955	6962	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017436	GA	3	6	6998	7003	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017436	A	6	6	7013	7018	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017436	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017436	ATTT	2	8	7096	7103	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017436	TTA	2	6	7154	7159	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017436	TTTG	2	8	7188	7195	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017436	GAA	2	6	7203	7208	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017436	ATG	2	6	7238	7243	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017436	A	6	6	9131	9136	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017436	TTC	3	9	9176	9184	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_017436	ATC	2	6	9192	9197	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017436	A	6	6	9216	9221	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017436	GAA	2	6	9230	9235	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017436	A	6	6	9286	9291	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017436	TATT	2	8	9310	9317	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017436	CCT	2	6	9331	9336	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_017436	TAG	2	6	11192	11197	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017436	AGAA	2	8	11202	11209	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017436	CTT	2	6	11242	11247	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017436	TA	3	6	11248	11253	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017436	TCA	2	6	11279	11284	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017436	TA	3	6	13339	13344	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017436	ATT	2	6	13373	13378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017436	AAG	2	6	13390	13395	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017436	TTA	2	6	13416	13421	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017436	AAGG	2	8	13438	13445	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017436	AAG	2	6	13450	13455	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017436	AAC	2	6	13534	13539	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_017436	TA	4	8	13563	13570	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017436	CAAA	2	8	16072	16079	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_017436	AG	3	6	17515	17520	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017436	GA	3	6	17528	17533	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017436	GAA	2	6	18374	18379	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017436	CTT	3	9	19892	19900	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_017436	T	6	6	19899	19904	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017436	T	6	6	19906	19911	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017436	GAA	2	6	20417	20422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017436	A	6	6	20479	20484	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017436	AG	3	6	20516	20521	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017436	A	6	6	20554	20559	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017436	CCT	2	6	20565	20570	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_017436	GGA	2	6	20611	20616	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017436	AGA	3	9	20651	20659	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017436	GA	3	6	20674	20679	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017436	TGG	2	6	20870	20875	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017436	AAC	2	6	20909	20914	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017436	AGC	2	6	20926	20931	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017436	AGG	2	6	21015	21020	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017436	TGA	2	6	21127	21132	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017436	AG	3	6	21191	21196	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017436	TCC	2	6	21244	21249	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_017436	CT	3	6	21260	21265	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_017436	CGCT	2	8	21268	21275	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_017436	TTAA	2	8	21289	21296	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017436	GTTA	2	8	21326	21333	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017436	GATC	2	8	21381	21388	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_017436	A	7	7	24560	24566	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017436	TTA	2	6	24573	24578	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017436	T	9	9	24588	24596	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017436	GA	3	6	26512	26517	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017436	CT	3	6	26519	26524	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_017436	ACT	2	6	26527	26532	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_017436	A	6	6	26543	26548	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017436	T	7	7	26555	26561	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017436	T	7	7	27869	27875	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017436	TAA	2	6	27880	27885	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017436	TC	3	6	27887	27892	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_017436	ATTG	2	8	27938	27945	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017436	AG	3	6	27970	27975	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017436	AGA	2	6	27992	27997	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017436	AAAGA	2	10	33092	33101	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017436	CTG	2	6	33121	33126	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_017436	GA	3	6	36384	36389	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017436	T	9	9	36418	36426	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017436	CTT	2	6	36478	36483	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_017436	AT	3	6	36486	36491	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017436	CT	3	6	38753	38758	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_017436	TAA	2	6	38816	38821	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017436	T	6	6	38836	38841	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017436	AAG	2	6	38857	38862	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017436	A	8	8	40114	40121	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017436	CT	3	6	40124	40129	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_017436	T	6	6	40129	40134	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017436	CTC	2	6	40135	40140	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_017436	AAG	2	6	40220	40225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017436	T	8	8	40310	40317	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017436	GCT	2	6	40435	40440	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_017436	GAA	2	6	40501	40506	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017436	CTT	2	6	40516	40521	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_017436	AGG	2	6	40530	40535	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017436	AG	3	6	40600	40605	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017436	GC	3	6	40649	40654	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
136	NC_017436	TTG	2	6	40688	40693	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017436	T	6	6	40710	40715	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017436	GCT	2	6	40723	40728	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_017436	GA	3	6	40814	40819	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017436	TC	3	6	40823	40828	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_017436	GC	3	6	40888	40893	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
142	NC_017436	TAA	2	6	40896	40901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017436	TCT	2	6	40902	40907	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_017436	AAG	2	6	41006	41011	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017436	GA	3	6	41028	41033	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017436	TTC	2	6	41049	41054	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_017436	CT	3	6	42316	42321	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_017436	TGCAA	2	10	42327	42336	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_017436	ATG	2	6	42377	42382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017436	GAG	2	6	42391	42396	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017436	T	6	6	42436	42441	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017436	T	8	8	42483	42490	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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485	NC_017436	T	7	7	185517	185523	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
486	NC_017436	T	6	6	185529	185534	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
487	NC_017436	T	7	7	185579	185585	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
488	NC_017436	A	7	7	185601	185607	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
489	NC_017436	T	6	6	185624	185629	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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